Народився 20 вересня 1809 року. В Ніжині юнак опинився через те, що його батько, В.Г. Кукольник, був призначений першим директором новоствореної гімназії. Закінчивши Ніжинську гімназію вищих наук князя Безбородька (1821-1829), свідоцтва, однак, не отримав через те, що був основним звинувачуваним у «справі вільнодумства», розпочатій по доносу після подій грудня 1825 року (повстання декабристів). Літературну діяльність розпочав під час навчання у Гімназії, але перші твори не збереглися, бо у свій час були вилучені при обшуках. Гімназійний товариш Миколи Гоголя.

За віросповіданням родина Кукольників – уніати (греко-католики). Хрещеним батьком Нестора, став цар Олександр I. На вірші Н. Кукольника написали музику 27 композиторів (більш, як 100 пісень і романсів), у тому числі М.І. Глінка, О.Є. Варламов, П.П. Булахов. Помер в Таганрозі при загадкових обставинах. У 1931 році його могила була осквернена. Сьогодні місце могили невідоме.