Найстаріший відділ музею. Експозиція відділу складається з шести залів, в яких представлено понад 2 тисячі оригінальних експонатів. Вони відображають історію міста від доби первісності до сьогодення. Найцікавіші з них: археологічна колекція, що репрезентує давньоруський та литовсько-польський періоди. Рідкісні експонати розповідають про національно-визвольну боротьбу українського народу у XVIIст. Певну цінність становить етнографічна колекція (традиційний народний одяг ХІХ — поч. ХХ ст., рушники, дукачи, господарське начиння), колекція ікон та стародруків XVII-XIX ст. Яскраво висвітлено події 1941-1945 рр. (зброя, нагороди, фотодокументи з радянських та німецьких архівів). Частина експозиції присвячена трагічним подіям сьогодення — боротьбі за незалежність та територіальну цілісність України.
Історичний відділ НКМ ім. І. Спаського найстаріший відділ музею. Власне відкривався у 1976 р. відділ як краєзнавчий музей.
Сьогодні відділ пропонує відвідувачам шість експозиційних зал в яких представлено понад 2 тисячі оригінальних експонатів. Кожна з зал відображає певний період історії міста.
Найбільший період охоплюють експонати першої зали: від часу поселень людей в міжріччі Десни і Остра у VI-III тис. до 1825 року. Цікава колекція археологічних знахідок, отриманих під час розкопок на території старої частини міста, речей козацької доби (холодна та вогнепальна зброя, гетьманські універсали), експонати, що характеризують Ніжин як місто з великою кількістю храмів, як місто багатонаціональне (зокрема історія виникнення грецької громади).
Експозиція другої зали охоплює період з 1825 р. по 1914 р. У вітринах підручники по яких займались вихованці Ліцею кн. Безбородько, оригінальні документи – свідки скасування кріпацтва та прогресивних реформ кінця XIX ст. Висвітлено культурно-просвітницьке життя міста у ХІХ ст.
Третя зала присвячена історії міста з 1917 р. по 1941 р.: національно-визвольним змаганням 1917-1921 рр., встановленню радянської влади, голодомору 1932-1933 рр.; репресіїм 1930-х років та початковому періоду Другої світової війни. В залі експонуються особисті речі, нагороди ніжинців, що зі зброєю в руках захищали свободу. У центрі залу розміщена зброя часів Другої світової.
Експонати четвертої зали цілком присвячені підпільній організації під керівництвом Я. П. Батюка та партизанському руху на Ніжинщині. Це зброя, макет партизанської землянки, речі з місць масових розстрілів мирних жителів міста.
У пятій експозиційній залі висвітлена тема визволення м. Ніжина від німецьких загарбників та звільнення території України від окупаційних військ (особисті речі, оригінальні фронтові сувеніри, документи).
Шоста експозиційна зала висвітлює історію Ніжина з 1946 по 2016 роки. В ній представлені матеріали післявоєнної відбудови міста та бурхливого сьогодення.
