Відділ «Природа Приостер’я» складається з двох експозиційних залів в яких відтворено особливості природного середовище Ніжинщини.

В першій експозиційній залі до уваги відвідувачів пропонується фізико-географічна характеристика краю, геологічна карта та схема геологічного розрізу Ніжинського району. Геохронологічна таблиця розповідає про розвиток органічного світу. Представлені палеонтологічні відбитки та рештки тварин різних епох від юрського до антропогенового періодів, знайдених на території області та району. В вітринах проведені схеми рельєфу, фенологічних характеристик та кліматичних умов краю. В експозиції залу представлена характеристика кожної пори року з типовими представниками флори, фауни та кліматичними особливостями. Окремо представлена схема гідросіток області і району з опудалами мешканців водойм та водних птахів та схема ґрунтів Ніжинського району.

Друга зала присвячений декільком темам. Відображений рослинний та тваринний світ краю містить схему лісів Ніжинського району, боліт району з типовими представниками болотяної флори та фауни, лісової фауни. Окремою темою проходить сучасний екологічний стан краю з особливим наголосом на радіаційне забруднення області і району в результаті Чорнобильської аварії 1986 року. Завершує експозицію вітрина, присвячена Червонокнижним місцевим видам рослин і тварин. Гербарні та об’ємні екземпляри рослин, опудала птахів, тварин, об’ємні діорами експозиції створюють детальне уявлення про природу Приостер’я.

При відділі «Природа Приостер’я» функціонує також «зоокуточок», в якому утримуються мешканці різних регіонів планети: середньоазійські та північно-американські черепахи, африканські гігантські равлики та інші. «Зоокуточок» реконструйований кілька років тому, викликає посилений інтерес як серед дорослих так і серед дітей, кількість яких з кожним роком зростає.