Впродовж 1853–1857 рр. із західного боку храму велося будівництво теплої церкви з високою триярусною дзвіницею. Вона була виконана в стилі класичного бароко, та мала купольне завершення з декоративною банею. Храм було розширено ще двома престолами на честь Казанської ікони Божої Матері, та Різдва Іоанна Предтечі.

Тоді ж було змінено і зовнішній вигляд храму відповідно до смаків того часу: стрункі барокові верхи замінили класичними напівсферичними. Усі ці роботи проводилися коштом відомого у Ніжині мецената і благодійника, купця 2-ої гільдії Михайла Степановича Біди.

У народі Спасо-Преображенську церкву прозвали «Тарасовою». 17 травня 1861 року на подвір'ї цього храму зупинилася похоронна процесія, що проводжала в останню дорогу Тараса Шевченка. Тут була відправлена велилюдна Панахида за Кобзарем.

Починаючи з 1924 р. у церкві правила службу Божу громада Української Автокефальної Православної Церкви. Після розправи 1930-х роках над громадою, комуністи добралися й до самого храму. Дзвіницю, теплу церкву, як і Спасо-Преобреженську церкву було закрито, адже на тому місці був розташуваний військовий склад. Як розповідають старожили, влітку 1941 р., коли з міста відходили підрозділи Червоної армії, то приміщення церкви разом з військовим майном просто спалили, а після війни, наприкінці 1950-х років, з допомогою вибухівки знищили, як аварійну архітектурну пам’ятку.