На початку XVIII століття Україна все більше втрачала свою самостійність. У Ніжині влада поступово перейшла до військових комендантів, призначених російським царем. Після невдалого Прутського походу, під час якого Петро І ледве не потрапив у полон до турецьких яничарів, він у 1713 році заснував ландміліцейські війська, які обороняли південні кордони Російської дер¬жави (нинішню Україну) від татаро-турецьких військ. У цих військах служило чимало офіцерів-католиків, головним чином німців. Для задоволення їх релігійних потреб на початку XVIII ст. на історичній околиці Ніжина Овдіївці (за Київськими воротами), був побудований дерев’яний костьол. З 1746 року костьол містився в мурованому буди¬ку. На початку XIX ст. на тому ж самому місці звели кам’яний костьол у готичному стилі. На фоні білих хат із солом’яними дахами, соняшниками і майже сільськими вулицями костьол мав дивний вигляд і викликав асоціації із середньовіччям та присутністю чарівних ошатних дам і мужніх лицарів.

3 1912 року в Петролавлівському костьолі з’явився римо-католицький священик, ксьондз Петро Августович Барановський, який досить швидко прижився в наших краях, став користуватися заслуженим авторитетом не лише серед своїх прихожан, але й серед всього багатонаціонального населення Ніжина. Він матеріально підтримував найбідніших членів польської громади, рятував євреїв від оп’янілих від крові денікінських громил.

Коли навесні 1922 року на півдні України і в Поволжі почався голод, трудящі Ніжинщини щиро допомагали голодуючим. Щоб нагодувати нещасних, які потрапили в обійми голодної смерті, а заразом і забрати кошти для розпалювання всесвітньої революції, більшовики вирішили вилучити із церков коштовності.

Так 10 квітня 1922 року, з костьолу забрали позолочені та срібні чаші, лампади, облати тощо. Ці речі були потрібні для проведення богослужіння, тому П.А. Барановський виказав своє незадоволення: пройде деякий час і ксьондз зникне в Соловецьких таборах назавжди.

А з кінця 30-х років в країні почалась боротьба з релігією. Поряд із православними церквами, єврейськими синагогами закривались і католицькі храми. Дійшла черга й до ніжинського костьолу Петра і Павла. 1930 року він був закритий, а будівля передана спілці медсанпраці.

Протягом 11 років тут працювала культосвітня установа.

22 червня 1941 року над містом з'явились фашистські повітряні пірати, а потім солдати в зловісній сіро - зеленій формі вдерлися в Ніжин. Німці спочатку загравали з населенням: поряд з православними храмами був відкритий і Петропавловський костьол. Там молилися солдати-католики: німці, італійці, угорці. Відбувалися тоді й кумедні сцени. Так одного разу розлючений поліцай побив п’яного селянина за те, що він реготав, коли угорські солдати під час молебню падали на одне коліно.

У вересні 1943 року „доблесна” армія фюрера почала „скорочувати фронт”. У Ніжині палали будівлі... Запалав і костьол. Створений для німців-католиків на початку XVIII ст., він загинув від рук їх нащадків, які принесли стільки горя нашому тисячолітньому місту.