Сьогодні музей історії Ніжинської вищої школи – це три зали, що вміщують оригінальні експонати, фотокартки, документи, книги, живопис, барельєфи, нагороди та відзнаки, особисті речі викладачів та вихованців, що презентують розвиток навчального закладу від Гімназії вищих наук кн.. Безбородька XIX ст. до класичного Ніжинського державного університету ім.. М. Гоголя XXI ст. Третій зал музею, що фіксує новітню історію вишу – мобільний, його експозиції перманентно поновлюються, доповнюються та змінюються, відповідаючи запитам навчального закладу.
Реорганізація музею історії Ніжинської вищої школи тривала з 2002 до 2005 рр. Протягом цього часу працювала робоча творча група, що опікувалася реконструкцією трьох залів, присвячених двохсотлітній історії вузу. До її складу входили: завідувач кафедри світової літератури та історії культури професор Самойленко Г. В., декан фізико-математичного факультету доц. Аніщенко В. О., викладач факультету іноземних мов доц. Близнюк О. І., декан філологічного факультету доц. Забарний О. В., проректор з науково-педагогічної та виховної роботи доц. Зінченко С. В., декан факультету іноземних мов доц. Тезікова С. В., завідувач музею Корінь Н. І., завідувач музейного комплексу Парубець А. С.. Була проведена велика науково-дослідна робота з пошуку, відновлення, збереження та систематизації експонатів, що охоплювали історичний період із 1805 року (року заснування навчального закладу) до наших днів. Протягом 2009-2012 років директором музейного комплексу Скороход В. І. здійснено повну паспортизацію музеїв та офіційну реєстрацію їх при навчальному закладі, що перебуває у сфері управління Міністерства освіти і науки, молоді та спорту (Свідоцтво №26-122, наказ №85 від 27.02 2012).
