Ініціаторами створення її були професори Історико-філологічного інституту кн. Безбородька М. Н. Сперанський, В. І. Рєзанов, П. О. Заболоцький. У такому статусі музейна установа існувала до 60-х років ХХ ст.. У 1964 році, відповідаючи на запити тогочасного суспільства та навчального закладу, кімната була перетворена на музей. 7 липня 1967 року Колегія Міністерства культури УРСР присвоїла йому звання Народного музею.

До 2002 року в цьому музеї йшов процес збереження, збирання та аналіз експонатів з історії вищого навчального закладу в Ніжині та першоджерел, що стосувалися особи М. Гоголя. У 2002 році виокремлюються й функціонують паралельно два музеї: музей Історії Ніжинської вищої школи та музей Миколи Гоголя, який докорінно реорганізований відповідно до поставленої мети – якнайповнішого висвітлення та дослідження ніжинського періоду життя Миколи Гоголя, зв’язків письменника з Чернігівщиною.

Серед оригінальних експонатів музею: підручники та фізичні прилади першої половини XIX ст., одне із перших прижиттєвих видань «Вечорів на хуторі біля Диканьки», предмети інтер’єру XIX ст., виконані в дусі відомого майстра меблів Андре-Шарля Буля, одна з перших копій посмертної маски письменника. Цікавими є портрети батька та матері письменника, портрет 12-річного Гоголя (худ. Д. Варакута), навчальні плани та програми тогочасної гімназії, конспекти й портрети викладачів і гімназистів гоголівських часів.