Синагога Шнеєрсона була збудована у 1850 р. Її первинна назва Молитовний дім імені Шнеєрсона, діяла з 1851 р. і до революційних подій ХХ ст. Це двоповерхова цегляна будівля, з характерними для середини ХІХ ст. монументальними оздоблювальними елементами.
Історія роду Шнеєрсонів виходить за межі України та СНД. Сьомий Любавицький ребе «ШЛІТА» Манахем Манднл Шнеєрсон є Головою нинішнього покоління іудеїв. Резмиденція Голів знаходиться в США. З Ніжином пов’язана діяльність трьох равинів Шнеєрсонів: Дов Бара бен Шнеура Зелмана, Ізраіля Ноаха бен Менахема Мендала і Менахема Ноаха бен Дов Бера. Синагога носила ім’я Шнеєрсона, що свідчить про великий внесок у розвиток релігійного руху в Ніжині, який був у ХІХ на поч. ХХ ст. століття одним з духовних центрів України.
Двоповерхова цегляна синагога імені Шнеєрсона, розташовувалась на вулиці Гімназійній. Відновила свою діяльність у 1921 р., а повністю припинила свою діяльність у 1933 р. 1928 року разом із двома церквами в Ніжині закрили дві синагоги і в приміщеннях синагог Любавицької і Золотницького відкрили клуби, а в 1930-і рр. у зв’язку боротьбою з релігією і буржуазним націоналізмом було закрито решту синагог, діяльність релігійної общини стала таємною.
