Будівля вокзалу функціонує в Ніжині з ІІ половини ХІХ ст., коли повз місто (за 5 км. Від Ніжина) було відкрито рух поїздів на Курсько-Київській залізниці. Вокзал у 1868 р. перетворився у важливий пункт доставки і вивезення товарів та сільськогосподарських продуктів, що сприяло зростанню економічного розвитку міста і пасажирського сполучення.
Будівля залізничного вокзалу була зведена у 1868 році, коли було відкрито рух поїздів на Курсько-Київській залізниці, яка проходила поблизу Ніжина. На цій ділянці за 5 км. Від міста і було споруджено будівлю вокзалу. Вокзал перетворився у важливий пункт доставки і вивезення товарів та сільськогосподарських продуктів. Об’єм вантажних перевезень товарів залізницею постійно зростав: у 1898 році з Ніжина було вивезено 1400 тис. пудів зерна, у 1908 – 7449,9 тис. пудів зерна. З часом зростала і кількість пасажирів, які користувались цим видом транспорту. У 1913 році їх вже було 90 тисяч. У 1926 році було відкрите пряме сполучення з Черніговом, а у 1928 – з Прилуками.
