Перебудова дерев”яної Михайлівської церкви розпочалася у 1714 р . І сталося це завдяки грецькій громаді , яка зібрала достатню кількість коштів на будівництво. За дозволом гетьмана І, Скоропадського, на місці попереднього дерев”яного храму було закладено кам”яний фундамент. Будівництво тривало понад 10 років, його завершив у 1729 році священник Микола Бошняк. Останній і був ктитором храму протягом 1719-1739 р.. 28 травня 1731 р. храм освятив митрополит Київський Рафаїл Заборовський. Цю урочисту подію в житті ніжинських греків увічнено написом на мармуровій дошці, яка й досі зберігається в інтер’єрі храму. «Приходський літопис» Михайлівської церкви подає такий переклад цього напису: «Воздвигнут сей храм архистратигов Михаила и Гавриила при ктиторстви господина Николая Михайловича Босняка, коему храму заложено основание их согласия всех братьев 1714 году. И оставалась без производства работ до 1725 года. Затем, продолжая работу, окончен в 1729 году , и по приезде из Киева архиерея господина Рафаила, освящен в 1731 году расходами братьев».

Церква належить УПЦ Київського Патріархату.