Перша дерев'яна Спасо-Преображенська церква була побудована в 1673р. Фундамент нової кам”яної споруди храму заклали поруч зі старою будівлею в 1748 р. Три велики бані, увінчані напівкруглими склепіннями, розташовані на одній осьовій лінії будівлі, що характерно для традиційної народної дерев”яної архітектури України 17-18 ст..
17 травня 1861 р. відбулася вселюдна панахида на церковному майдані над труною Тараса Шевченка, коли через Ніжин пройшов останній шлях Великого Кобзаря в Україну.
Зараз храм належить УПЦ Київського Патріархату.
В іконостасі Спаської церкви містилась табличка, яка повідомляла, що храм закладений 1748 р., а будівництво було закінчене 1757 р. Автором іконостасу став Іван Веснинський ( живопис і позолота). Стіни були розмальовані місцевими іконописцями. У 1852 р. усі розписи храму, за винятком нижнього ряду , були перемальовані художником Фомою Кононовим.
Храм мав три престоли, діяли парафіяльна школа та шпиталь, що утримувалися за рахунок громади та пожертвувань. Значної перебудови церква зазнала у 1853-1857 р. через чисельні пожежі. Із західного боку прибудували теплу церкву з високою трьох”ярусною дзвіницею. Барокові верхи замінили класичними напівсферичними.
17 травня 1861 р. ніжинські священики на чолі з протоієреєм Федором Бордоносом відслужили жалобну відправу і супроводжували хресну ходу з труною Тараса Шевченка через усе місто до самої застави на Київському виїзді. В пам”ять про цю сумну подію в 1991 р .біля Спасо-Преображенської церкви встановлений меморіальний знак.
Після тривалої перерви 19 серпня 1998 р. відбулося перше Богослужіння в стінах храму.
